Lorsque les Japonais déclarent la guerre aux Américains, le Squadron est toujours à l'entraînement et rencontre encore de nombreuses difficultés avec ses avions, notamment des dysfonctionnements du système d'oxygène, problèmes avec l'armement et une maintenance lourde en général.

A partir du 12 janvier 1942, les affrontements au-dessus de Singapour deviennent fréquent. Malgré le fait que les pilotes japonais soient plus nombreux et mieux entraînés, le ratio pertes / victoires pour les pilotes de Buffalo reste de 2/1, ce qui est honorable. Il est vrai que les Japonais rencontrent les même difficulté en rapport avec la maintenance de leurs propres appareils. Avec la perte d'un grand nombre de Buffalo parmi les autres squadrons de la RAAF et de la RNZAF, les éléments survivants sont peu à peu intégré au Squadron 488. Le squadron reçoit finalement des "Hurricane" à partir de la fin janvier mais en date du 31, du fait des lourdes pertes et de la situation au sol, l'unité soit se replier sur Batavia, zone dans laquelle les "Buffalo" Néerlandais sont confrontés à la même situation. Le Squadron Leader Clouston confie alors le commandement du squadron à Mackenzie et décide de rester à Singapour avec des éléments de l'état-major. Il sera fait prisonnier lors de la chute de Singapour.

Le 23 février, le squadron évacue Batavia et rejoint Fremantle en Australie avant d'être dissout le 2 mars. Les pilotes Néo-Zélandais retournent alors dans leur pays et constituerons le noyau du futur squadron 14 RNZAF.

Le Squadron 488 se reforme le 25 juin 1942 à Church Fenton, Yorkshire, en tant qu'unité de chasse-bombardement de nuit spécialisée dans les missions d'intrusion au-dessus du continent. Équipéde Bristol Beaufighters au départ, il est équipé de Mosquito à partir d'août 1943 et affecté à des missions défensives. En novembre 1944 le squadron atterri en France et suit la progression des forces alliées à travers la Belgique et la Hollande. L'unité est dissoute le 26 avril 1945. Au cours de ses incursions nocturnes, le Squadron 488 a réalisé 2899 sorties, abattu 67 avions et détruit 40 trains. Les pilotes de l'unité recevront 5 DFC, une DSO et une AFC. La devise du squadron était "Ka ngarue ratau" ("We shake them").