Formé à Malte en juin 1941 par renummérotation de l'échelon volant du Squadron 46 à Takali avec des Hurricanes IIa et IIb, le Squadron 126 participe avec succès aux durs combats de 1941/42 qui se livrent à Malte. En mars 1942, le Squadron reçoit des SPitfire Vb et Vc puis des Spitfire IX en mars 1943. Après la fin de la Campagne de Tunisie, le Squadron assure le soutien des troupes lors des opérations en Sicile avant d'être affecté à des missions défensives au profit du Coastal Command jusqu'à la fin de l'année. En septembre, le Squadron s'installe en Sicile puis en Italie le mois suivant.

En avril 1944, le Squadron 126 change de théâtre d'opérations et s'installe en Grande Bretagne où il reçoit des Spitfire IXb. Le Squadron est intégré à l'ADGB à Culmhead, Harrobeer puis Bradwell Bay. A la fin de l'année 1944, il reçoit des Mustang III et prend part aux escortes à longue distance au sein du wing de Brentwaters spécialement constitué à cet effet. A Malte, le Squadron porte le code HA, code qui devient MK en août puis 5J à son arrivée en Grande Bretagne.