Equipé de Blenheim If et installé à Debden en septembre 1939 avec un détachement à Martlesham Heath, le Squadron 29 est une des premières unités de la RAF affectée à la chasse de nuit, dès octobre 1939. Les deux premières victoires sont obtenues en août 1940 et le mois suivant les premier Beaufighter If arrivent au Squadron. A partir de là, le Squadron est régulièrement engagé en combat pendant le Blitz de 1940 / 41 contre la Grande Bretagne.

Au début 1941, un pilote du Bomber Command qui a finit son premier tour d'opérations arrive à l'unité et remporte rapidement 4 victoires au dépend de bombardiers Allemands. Il s'agit de Guy Gibson qui ne va pas tarder à devenir un des plus célèbre pilote de bombardier en mettant au point des techniques audacieuses d'attaque d'objectifs très spécifiques et en particulier des barrages avec les "Dambuster" du Squadron 617, missions pour lesquelles il recevra la Victoria Cross.

En mars 1943, le Squadron reçoit ses premiers Beaufighter VIf avant de changer pour des Mosquito Mk XII en mai. En septembre 1943, le Squadron est envoyé à Ford sur la côte Sud et reçoit des Mosquito XIII en complément. La 60eme victoire est remportée en octobre. Après un bref passage à Drem, en Ecosse au printemps 1944, le Squadron s'installe à West Malling en mai et intègre le Group 85 / 2nd TAF afin d'assurer la protection nocturne de la tête de pont à l'occasion du débaqtement en Normandie. Le Squadron fait ensuite mouvement sur Hunsdon d'où le Squadron mène des missions Intrudeur sur la France jusqu'à la fin août avant de réintégrer l'ADGB (Air Defense of Great Britain) échangeant sa place au sein de la 2nd TAF avec le Squadron 219.

En février 1945, le Squadron fait mouvement sur Colerne où des Mosquito XXX arrivent pour équiper le Squadron. La dernière victoire est remportée le 24 avril contre un Me 262.